Dal 2006 EMME Trasporti si è organizzata in conformità della norma Vision 2000. L'azienda dispone di una struttura organizzativa e di procedure ed istruzioni interne che assicurano un servizio altamente professionale. Il personale viene costantemente formato sia per ciò che concerne la sicurezza sul lavoro, sia sugli obblighi normativi (in particolare in materia di rifiuti), sia sull'AD.
Il Sistema di gestione di EMME Trasporti, prevede audit periodici di verifica sia per ciò che concerne la conduzione, sia per i servizi effettuati al di fuori dell'azienda.
Il sistema prevede apposita modulistica per la segnalazione delle non conformità registrate in fase di verifica (ordinaria e/o straordinaria).
Le figure professionali che sovraintendono le attività di EMME Trasporti sono: